Fragmentación es un algoritmo que explora la topología de la red hidrológica (o sea la representación cartográfica de la red hidrológica, dividida en tramos de distintos órdenes de Horton), para determinar cuáles partes de la misma no sufren de interrupciones de continuidad.
Este módulo pretende identificar las subredes fluviales con continuidad longitudinal (propiedad fundamental para la migración de peces y el transporte de sedimentos), es decir donde no hayan barreras artificiales (represas o azudes). Para cada subred determina indicadores descriptivos útiles como en particular la longitud total de la subred y la red con máxima longitud total.
El algoritmo explora la topología de la red (tabla de relaciones parentales, o sea que dice para cada tramo quien es el anterior y quien el siguiente) y la presencia o menos de una interrupción (represa, etc.). Puede inclusive modular el grado de fragmentación según la impermeabilidad de la barrera (de acuerdo a coeficientes oportunos).
Limitaciones: Al momento sólo considera la presencia y posición de las represas, no distingue el tipo de barrera, no incluye otros factores que pueden causales de fragmentación, tampoco incluye el efecto de retención de sedimentos causado por los embalses y la asociada modificación morfológica de los cauces.